永遠的“6時59分”開始了——在佑河家有著代代相傳的止界術使用止界術，能夠進入森羅萬象盡數停止的“止界”。某天，主人公樹里的外甥和哥哥，被誘拐犯綁架了。她為了救出他們而不得已使用了“止界術”，卻遭到......

丹童子有馬（寺島拓篤 配音）是一名高中二年級的學生，看似沉默寡言嚴肅內向的他，其實有著一段不堪回首的過去。為了避免再傷害周圍的人，有馬選擇了形單影只的孤獨生活。某日，一位名叫藍羽琉璃（中島愛 配音）的少女帶著執事鏡誠（入野自由 配音）出現在了有馬的面前，提出了希望利用有馬身上“惡石”的力量。　　惡石的力量雖然強大但難以控制，有馬曾因此而犯下令他追悔莫及的錯誤。而藍羽琉璃則擁有“善石”的力量，能夠牽...

故事設定在《CODE GEASS 反叛的魯路修》的四年後...