某日，雙葉幼稚園的孩子們正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然現身，緊接著，一艘巨大的飛船將船屋整個抓了起來，來不及逃跑的風間（真柴摩利 配音）和小新（矢島晶子 配音）等人和飛船一起消失在了空中。...

知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…　　同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他...

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母親要殺他,這個沖擊讓伊達京介覺醒潛在能力。在京介覺得失意時,岬真夜這個讓人忍不住關懷的女子出現在他面前。兩人關系越來越密切此時,迷的突變體軍團「hospitaru」(ホスピタル)和巨大企業「桐原體」的戰斗機器人軍團突然向他們攻擊,為的是京介的雙胞胎妹妹 琉奈為了保護妹妹和她的分身京介使用變身能力奮戰著.........